Wydział Sztuk Pięknych jest jedyną jednostką w strukturze UMK prowadzącą działalność statutową w obszarze sztuki i humanistyki. Jego działalność rozpoczęła się w 1945 roku, a Wileńska tradycja uczelni zadecydowała o jego specyfice jako szkoły artystycznej działającej w strukturach uniwersyteckich. Wydział stanowiły dwa instytuty: Instytut Artystyczny oraz Instytut Zabytkoznawstwa i Konserwatorstwa. W latach 2019-2024 Wydział tworzyły katedry. Od października 2024 r. nastąpił powrót do dwóch instytutów, obecnie są to: Instytut Historii Sztuki i Dziedzictwa Kulturowego (w ramach Dyscypliny Nauki o Sztuce) oraz Instytut Sztuk Plastycznych i Konserwacji Dzieł Sztuki (w ramach Dyscypliny Sztuki Plastyczne i Konserwacja Dzieł Sztuki). Instytut Historii Sztuki i Dziedzictwa Kulturowego tworzą katedry: Katedra Historii Sztuki XX w. w Europie Środkowej i na Emigracji, Katedra Historii Sztuki Nowoczesnej i Pozaeuropejskiej, Katedra Historii Sztuki i Kultury, Katedra Konserwatorstwa, Katedra Zabytkoznawstwa i Muzealnictwa, a Instytut Sztuk Plastycznych i Konserwacji Dzieł Sztuki: Katedra Konserwacji-Restauracji Malarstwa i Rzeźby Polichromowanej, Katedra Konserwacji-Restauracji Malarstwa Ściennego, Katedra Konserwacji-Restauracji Papieru i Skóry, Katedra Konserwacji-Restauracji Architektury i Rzeźby, Katedra Technologii i Technik Sztuk Plastycznych, Katedra Konserwacji-Restauracji Sztuki Nowoczesnej i Współczesnej, Katedra Grafiki, Katedra Projektowania Graficznego, Katedra Intermediów, Katedra Architektury Wnętrz i Rzeźby, Katedra Rysunku, Katedra Edukacji Wizualnej i Badań nad Sztuką, Katedra Malarstwa.
W ramach zadań statutowych Wydział prowadzi wszechstronne badania nad sztuką i dziedzictwem kulturowym, współpracując przy tym z uczelniami i instytucjami krajowymi oraz zagranicznymi. Decyzją Ministra Edukacji i Nauki dwóm dyscyplinom naukowym prowadzonym na naszym Wydziale zostały przyznane bardzo wysokie kategorie naukowe. Dyscyplina Sztuki Plastyczne i Konserwacja Dzieł Sztuki otrzymała najwyższą kategorię naukową A+, natomiast Dyscyplina Nauki o Sztuce wysoką kategorię naukową A.
Wydział zaangażowany jest w realizację projektu Centrum Badań i Konserwacji Dziedzictwa Kulturowego– jednostki badawczej, która wspiera działania naukowe i komercyjne.
Wydział Sztuk Pięknych jest także unikatowym ośrodkiem kształcącym artystów w dziedzinie sztuk plastycznych i konserwatorów dzieł sztuki oraz specjalistów w zakresie teoretycznej ochrony i opieki nad zabytkami, konserwatorstwa, muzealnictwa, również historii sztuki. Od lat stanowi twórcze centrum regionu, inicjuje wydarzenia artystyczne, prowadzi szeroką działalność edukacyjną i popularyzatorską na rzecz środowiska lokalnego, współdziałając przy tym z instytucjami miejskimi oraz wojewódzkimi. Gwarantuje i dba o wysoki poziom oferty dydaktycznej. Kształci na studiach licencjackich, magisterskich, doktoranckich i podyplomowych. Poprzez atrakcyjną ofertę dydaktyczną rozszerzoną o prowadzone na kierunkach studiów specjalności, umożliwia studentom rozwijanie swoich zainteresowań i stwarza możliwości pozyskania dodatkowych umiejętności niezbędnych na współczesnym rynku pracy. Wspiera uczestnictwo w programach mobilności Most oraz Erasmus+ , dbając przy tym o kontakty krajowe i międzynarodowe studentów oraz kadry dydaktycznej.